Optimización y validación de un método de PCR en tiempo real para el diagnóstico de Pneumocystis jirovecii en muestras respiratorias de pacientes pediátricos / Optimization and validation of a real-time PCR method for the diagnosis of Pneumocystis jirovecii in respiratory samples of pediatric patients

Pneumocystis jirovecii (PCP) es un hongo oportunista, que causa neumonía en pacientes con un sistema inmunitario seriamente comprometido. La prevalencia de la enfermedad disminuyó dramáticamente con la introducción de la terapia antirretroviral combinada (HAART) y actualmente las infecciones ocurren en aquellos pacientes que no reciben adecuada profilaxis o no la completan. Es una enfermedad grave con elevada tasa de mortalidad (30-60%) en pacientes oncohematológicos y receptores de trasplante de células progenitoras hematopoyéticas (HSCT), pero prevenible con profilaxis adecuada, por lo que el reconocimiento temprano de los pacientes en riesgo es crítico. El diagnóstico de certeza es de laboratorio ya que los hallazgos clínicos son inespecíficos y las imágenes no son patognomónicas de este agente. Actualmente las técnicas moleculares como la PCR en tiempo real son las metodologías recomendadas ya que poseen elevada sensibilidad, especificidad, rapidez y eficiencia. En el presente estudio se optimizó un método de PCR en tiempo real con iniciadores dirigidos al gen del ARNr de la subunidad grande mitocondrial, en formato dúplex junto con el gen constitutivo RNAsa P. El método demostró ser muy sensible y rápido para el diagnóstico clínico de PCP, con una concordancia қ: 0,789 con el método convencional de PCR anidada que emplea como target a la región espaciadora transcrita interna (ITS) del gen del ARNr de PCP, a la vez de ser mucho menos laborioso y con menor riesgo de contaminación, lo que permite el manejo de un alto número de muestras clínicas (AU)

Pneumocystis jirovecii (PCP) is an opportunistic fungus causing pneumonia in severely immunocompromised patients. Prevalence of the disease has dramatically decreased after the introduction of combined antiretroviral therapy (HAART) and currently these infections occur in patients who do not receive adequate prophylaxis or do not complete treatment. PCP is a severe disease with a high mortality rate (30-60%) in oncology-hematology patients and hematopoietic stem-cell transplantation (HSCT) recipients, but is preventable with adequate prophylaxis. Therefore, early recognition of at-risk patients is essential. Laboratory studies are the gold standard for the diagnosis as clinical findings are unspecific and imaging studies are not pathognomonic for this agent. Currently, molecular techniques, such as real-time PCR, are the methodology of choice because of their high sensitivity, specificity, speed, and efficiency. In this study, a real-time PCR method was optimized with primers targeting the gene of the mitochondrial large subunit rRNA in a duplex format together with the constitutive gene RNAsa P. The method showed to be very sensitive and fast for the clinical diagnosis of PCP, with a concordance of қ: 0.789 with the conventional nested PCR method targeting the internal transcribed spacer (ITS) region of the rRNA gene of PCP, and is much easier to perform with a lower contamination risk allowing a high through-put of clinical samples (AU)

Optimización de un método de PCR en tiempo real para el diagnóstico de infecciones por Mycoplasma pneumoniae / Optimization of a real-time PCR method for the diagnosis of Mycoplasma pneumoniae infections

A Mycoplasma pneumoniae se lo ha descrito como causante de diversas patologías, pero la más frecuente es la neumonía de la comunidad, en la que puede asociarse a otros patógenos. Afecta pincipalmente a niños de edad escolar y adultos jóvenes, aunque en las últimas décadas es frecuente hallarlo también en niños menores de 5 años. El daño celular ocurre sobre el epitelio de bronquios y bronquiolos por acumulación de peróxido de hidrógeno y radicales superóxido producidos durante su metabolismo celular. Recientemente se ha reportado que en estos eventos patogénicos también participa una citotoxina conocida como CARDS toxin (community-acquired respiratory distress syndrome) que la bacteria expresa como factor de virulencia, ya que induce una importante respuesta inflamatoria celular. Los métodos moleculares son más sensibles y rápidos que los métodos de diagnóstico tradicionales y se consideran de elección. No obstante, para lograr un diagnóstico óptimo, se aconseja la combinación de estos métodos junto con los serológicos. En el presente estudio se optimiza un método de PCR en tiempo real con iniciadores dirigidos a la región del gen que codifica la CARDS toxin. El método demostró ser muy sensible y rápido para el diagnóstico clínico de M. pneumoniae, con una concordancia қ: 0,95 con el método convencional de PCR anidada que emplea como target al gen que codifica para la citoadhesina P1. A su vez es mucho menos laborioso e implica un menor riesgo de contaminación, lo que permite el manejo de un alto número de muestras clínicas (AU)

Mycoplasma pneumoniae has been described as the cause of different infections, the most common of which is communityacquired pneumonia, possibly associated with other pathogens. Community-acquired pneumonia mainly affects school-age children and young adults, although over the past decades the disease has also been found in children under 5 years of age. Cell damage occurs on the epithelium of the bronchi and bronchioles due to accumulation of hydrogenous peroxide and superoxide radicals produced during cell metabolism. Recently, it has been reported that in these pathogenic events a cytotoxin known as CARDS toxin (community-acquired respiratory distress syndrome) participates, expressed by the bacteria as a factor of virulence, as it induces an important inflammatory cell response. The molecular methods are more sensitive and faster than the traditional diagnostic methods, and are considered the methods of choice; however, for an optimal diagnosis, a combination of these methods together with serological studies is recommended. In the current study, a real-time PCR method with markers targeted to the region of the gene encoding the CARDS toxin was optimized. The method showed to be very sensitive and fast for the clinical diagnosis of M. pneumoniae, with a қ agreement of 0.95 with the conventional nested PCR method that uses the gene encoding cytoadhesin P1 as a target. Additionally, the new method is much easier with a lower risk of contamination, which allows management of a large number of clinical samples (AU)